Para  habilitar los efectos de escritorio en Debian (yo lo he hecho en Wheezy, pero creo que esto funciona desde Lenny en adelante) usando Gnome mediante Compiz cuando se tiene una tarjeta gráfica Nvidia el proceso a realizar es el siguiente:

Habilitar el uso del hardware de la tarjeta gráfica siguiendo cualquiera de los métodos que se explican en el wiki de Debian.

Instalar Compiz, ejecutando como root en una terminal:

aptitude install compiz compizconfig-settings-manager compiz-fusion-plugins-main compiz-gnome compiz-gtk

Editar /etc/X11/xorg.conf modificando las siguientes secciones (si no existen habrá que crearlas):

Section "Extensions"
        Option "Composite" "enable"
EndSection
Section "Device"
        # Añadirle :
        Option "XAANoOffscreenPixmaps" "true"
        Option "AllowGLXWithComposite" "true"
EndSection
Section "Screen"
        Option "AddARGBGLXVisuals" "true"
EndSection
Section "Module"
        #Load "dri"
        #Load "GLcore"
EndSection

Esto ya nos permitirá usar Compiz como gestor de ventanas. Para comprobarlo reiniciamos y veremos que si ejecutamos en un terminal:

compiz --replace

Nos aparecen los efectos de escritorio que previamente hayamos seleccionado en la opción Sistema / Preferencias / Administrador de Opciones CompizConfig

Siqueremos que por defecto siempre se ejecute Compiz al inicial sesión en Gnome, tenemos que ejecutar en un terminal como root el comando

gconftool-2 --type string --set /desktop/gnome/session/required_components/windowmanager compiz

Si llega un día y queremos  desinstalar Compiz porque nos gaste mucha máquina o porque nos hayamos cansado de los efectos visuales, entonces desinstalamos los paquetes que instalamos

aptitude remove compiz compizconfig-settings-manager compiz-fusion-plugins-main compiz-gnome compiz-gtk

Y recuperamos Metacity como gestor de ventanas con:

gconftool-2 --type string --set /desktop/gnome/session/required_components/windowmanager metacity

(Esta entrada es un resumen de lo explicado en el wiki de Debian)