A partir de la versión 10.04 LTS de Ubuntu Server y también en Debian Wheeze los script de php5 no funcionan por defecto cuando se invocan en el directorio del usuario habilitado para el módulo de Apache mod_userdir. Para solucionarlo editar el archivo

/etc/apache2/mods-available/php5.conf

Y comentar las líneas que se refieren a dicho módulo, dejándolas

#    <IfModule mod_userdir.c>
#        <Directory /home/*/public_html>
#            php_admin_value engine Off
#        </Directory>
#    </IfModule>

Después de salvar el archivo, reiniciar el Apache  y ya deberían de funcionar.

Tomado de Ubuntuforums