Al instalar Debian 8 con LXDE he visto que cuando hago doble click en los pdf, éstos se abren por defecto con el Gimp, algo que no es lo que quiero que suceda. Para cambiar este comportamiento y que los archivos de tipo pdf se abran con el programa Evince, tenemos que lanzar el siguiente comando (con nuestro usuario):

$ xdg-mime default evince.desktop application/pdf

Y ya está. Esto mismo sirve para asignar todas aquellas aplicaciones que tengan un archivo *.desktop en el directorio /usr/share/applications/ al tipo de archivo que deseemos.

Más utilidades del comando xdg-mime se pueden encontrar en esta página.